Trong đợt dịch mới, nhiều bệnh viện tuyến đầu bị dịch bệnh tấn công, do đó Bộ Y tế yêu cầu các bệnh viện rà soát chặt chẽ và xét nghiệm sàng lọc COVID-19. Các đối tượng bắt buộc phải xét nghiệm COVID-19 gồm bệnh nhân có chỉ định nhập viện điều trị nội trú; người nhà chăm sóc bệnh nhân điều trị nội trú; các bệnh nhân đến thăm khám nhưng có dấu hiệu sốt, ho, khó thở, bệnh nền hoặc có yếu tố dịch tễ liên quan đến vùng dịch… lúc đó bác sĩ sẽ chỉ định xét nghiệm... Do Bộ vẫn chưa thống nhất, hướng dẫn nên hiện các bệnh viện vẫn áp dụng thu phí xét nghiệm với người chăm sóc bệnh nhân nội trú.
Bộ Y tế cũng chưa có quy định về việc xét nghiệm COVID-19 bằng hình thức nào, điều này phụ thuộc vào khả năng của mỗi cơ sở y tế, có thể dùng test nhanh hoặc PCR đơn/cộng gộp để giảm chi phí. Một số nơi thực hiện xét nghiệm test nhanh kháng nguyên, có giá từ 150.000 đến 400.000 đồng/mẫu; có nơi làm Realtime PCR giá từ 734.000 - hơn 800.000 đồng/mẫu.
Bên cạnh đó, ngoài nhân viên y tế, Bộ cũng yêu cầu các bệnh viện xét nghiệm định kỳ các bệnh nhân ở các khoa, phòng bệnh hô hấp, bệnh mãn tính nặng như bệnh nhân chạy thận… Đồng thời chi phí tính vào BHYT với bệnh nhân có BHYT và ngân sách Nhà nước.
Đối với đối tượng được chỉ định xét nghiệm COVID-19, theo quy định của Bộ Y tế là những người có ít nhất một trong số các triệu chứng: Sốt, ho, khó thở, đau họng, viêm phổi và có một trong số các yếu tố dịch tễ như có tiếp xúc gần (trong phạm vi 2m) với người nhiễm COVID-19 hoặc người nghi ngờ nhiễm COVID-19; người nhập cảnh cách ly tập trung; người trở về từ các vùng dịch đang xảy ra tại Việt Nam trong vòng 14 ngày trước khi xuất hiện các triệu chứng; bệnh nhân COVID-19 trong quá trình điều trị; theo chỉ định của bác sĩ/cán bộ điều tra/cơ quan y tế… Các trường hợp khác căn cứ theo chỉ đạo của Ban Chỉ đạo phòng chống dịch Quốc gia, Bộ Y tế, Ban chỉ đạo phòng chống dịch từng địa phương.